Treść filmu zawiera ukryte przesłania i aluzje, ukazujące topos życia-snu.
Thomas Anderson wiedzie podwójne życie. Normalnie pracuje jako programista komputerowy w firmie, natomiast prywatnie jest hakerem komputerowym o nicku „Neo”. Seria niewytłumaczalnych i zaskakujących zjawisk prowadzi go do kontaktu z tajemniczą grupą,której liderem jest Morfeusz. Wyjaśnia on Neo, czym jest Matrix, po czym oferuje pokazanie prawdziwego, niezakłamanego świata. Tam Neo na własne oczy przekonuje się, że w rzeczywistości jest około roku 2199. Ludzie wymyślili sztuczną inteligencję , jednakże maszyny wyrwały się spod ich kontroli i zwróciły się przeciwko twórcom.Morfeusz uwalnia Neo z Matriksa, wierząc, że jest on kolejnym Wybrańcem, przepowiedzianym przez wyrocznię zbawicielem i człowiekiem, który zakończy wojnę i przyniesie pokój. ItPxD